齊齊哈爾醫(yī)學(xué)院附屬第三醫(yī)院始建于1928年，其前身為齊齊哈爾鐵路中心醫(yī)院，2004年主輔分離歸屬齊齊哈爾醫(yī)學(xué)院，更名為齊齊哈爾醫(yī)學(xué)院附屬第三醫(yī)院。2007年齊齊哈爾醫(yī)學(xué)院附屬第七醫(yī)院（原齊車集團(tuán)醫(yī)院、齊齊哈爾市腫瘤醫(yī)院）歸入，成為現(xiàn)在的齊齊哈爾醫(yī)學(xué)院附屬第三醫(yī)院。

醫(yī)院歷經(jīng)偽滿、抗日戰(zhàn)爭(zhēng)、解放戰(zhàn)爭(zhēng)、新中國(guó)成立、加快國(guó)家經(jīng)濟(jì)建設(shè)和改革開放等不同歷史時(shí)期，既經(jīng)歷了戰(zhàn)火的洗禮，也唱響了救死扶傷、治病救人的頌歌。1946年6月，原四野二縱后為三十九軍衛(wèi)生部部長(zhǎng)吳之理兼任醫(yī)院院長(zhǎng)，吳之理后來曾任中國(guó)人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院副院長(zhǎng)、第二軍醫(yī)大學(xué)校長(zhǎng)、中華醫(yī)學(xué)會(huì)副會(huì)長(zhǎng)，他率領(lǐng)職工積極支援東北解放戰(zhàn)爭(zhēng)，開展的腸梗阻、胃切除手術(shù)技術(shù)已經(jīng)在黑龍江省處于領(lǐng)先地位。1951年5月，一代醫(yī)學(xué)專家黃家駟、沈克非、黃宛、盛志勇院士隨抗美援朝醫(yī)療隊(duì)來到醫(yī)院，大力開展胸外、骨外、腦外各種手術(shù)救治志愿軍將士。劉波同志時(shí)任醫(yī)院副院長(zhǎng)兼黨小組負(fù)責(zé)人，她是紅色經(jīng)典小說《林海雪原》作者曲波的夫人、《林海雪原》中小白鴿的原型，后調(diào)到北京醫(yī)科大學(xué)任黨委書記。著名表演藝術(shù)家葛存壯曾在醫(yī)院藥劑科工作。

如今的齊齊哈爾醫(yī)學(xué)院附屬第三醫(yī)院是集醫(yī)療、教學(xué)、科研、預(yù)防、保健于一體的高水平學(xué)術(shù)型醫(yī)院。1991年成為全國(guó)首批、黑龍江省首家三級(jí)甲等醫(yī)院，2010年通過黑龍江省第二周期醫(yī)院等級(jí)評(píng)審驗(yàn)收，再次成為齊齊哈爾市首家三級(jí)甲等醫(yī)院?，F(xiàn)有兩個(gè)院區(qū)，下設(shè)有齊齊哈爾市腫瘤醫(yī)院、美國(guó)Fox Chase癌癥中心齊齊哈爾分中心、消化分院、心血管分院、2個(gè)社區(qū)衛(wèi)生中心、80余個(gè)臨床醫(yī)技科室、14個(gè)教研室。編制床位2000張，占地面積8萬余平方米，建筑面積超過16.1萬平方米。現(xiàn)有職工2322人，高級(jí)職稱以上的專業(yè)技術(shù)人員近400人，碩士生、博士生學(xué)歷占專業(yè)技術(shù)人員總數(shù)的20%。